यह वेधशाला आंध्र विश्वविद्यालय के परिसर में 1994 से प्रचालित है। संस्थान का भारत के पश्चिमी तट पर अलीबाग में एक तटीय केंद्र है। भारत के पूर्वी तट पर स्थित अलीबाग के समान अक्षांश पर, स्टेशनों के बीच अज्ञात महासागरीय प्रभाव को देखने के लिए एक और स्टेशन का होना आवश्यक समझा गया। विशाखापट्टनम स्टेशन को बंगाल तट की खाड़ी से किए गए एक समुद्री चुंबकीय सर्वेक्षण के लिए आधार स्टेशन के रूप में भी स्थापित करना आवश्यक था। भा.भू.सं. और आंध्र विश्वविद्यालय, एक विद्युतचुम्बकीय रवमुक्त स्थान पर इस तरह की एक चुंबकीय वेधशाला की स्थापना पर परस्पर सहमत हुए, जिसके लिए विश्वविद्यालय द्वारा भा.भू.सं. को उपयुक्त भूमि पट्टे पर दी गर्इ।