राजकोट चुंबकीय वेधशाला इस संस्थान और सौराष्ट्र विश्वविद्यालय, राजकोट के बीच समझौता ज्ञापन के अंतर्गत वर्ष 2007 में स्थापित की गयी। 26 जनवरी, 2001 को गुजरात में आए विनाशकारी भूकंप के बाद, संस्थान ने इस क्षेत्र में सहभूकंपीय सक्रियताओं के अन्वीक्षण हेतु कर्इ परियोजनाएं शुरू कीं। यह वेधशाला इस क्षेत्र में सर्वेक्षण हेतु एक आधार स्थल के रूप में कार्यरत है।